电镜室成立于1987年，2006年迁至烟台校区实验B楼一层西侧，实验室面积近300平方米。现有日本JEOL公司透射电子显微镜、德国ZEISS公司扫描电子显微镜、德国LEICA公司冷冻超薄切片机、奥地利剑桥公司超薄切片机、离子溅射仪、临界点干燥仪、微波组织处理机等先进仪器设备，仪器设备总值500多万，是目前省内规模较大、设备先进的生物超微结构电镜实验室之一。面向校内外开放，为校内外科研人员提供电镜服务和技术支持。

电镜室现有专业技术人员4人，掌握了生物材料及非生物材料超薄切片、冰冻超薄切片、免疫金标记、电镜细胞化学、特殊染色、环境扫描观察等技术。在动植物超微结构、病毒形态结构、昆虫超微形态结构、医学病理电镜诊断、高分子材料及纳米材料电镜观察分析等方面具有丰富的经验。

近年来电镜室与烟台毓璜顶医院、中国人民解放军107医院、烟台口腔医院、烟台大学、鲁东大学、中科院烟台海岸带研究所、烟台绿叶制药公司等多家单位建立了业务关系。